选择柱温的原则是纪要保证样品组分完全分离，又要保证样品所有组分都不会在色谱柱内冷凝，且峰形较好，同时分析时间越短越好。确定柱温，主要考虑色谱柱固定液的使用温度、色谱柱类型、样品组分的复杂程度、色谱柱升温方式以及汽化温度等。
首先，要考虑气相色谱仪色谱柱固定的最高使用温度，选择的柱温至少要比固定液最高使用温度低40℃左右。当固定液相同时，填充柱和毛细血管柱相比较，毛细血管柱的最高使用温度比填充柱低，至少要比固定液的最高使用温度低60左右。如果使用的固定液有凝固点，应高于凝固点。
其次，应考虑样品组分的复杂程度，包括样品的沸点范围和组分间的沸点差别，当然还有样品组分的极性差别等。若样品组分简单即组分少、样品沸程窄且组分沸点有一定差别，可选择恒温程序，分析时间段，且比程序升温基线要好，相反，如果样品组成复杂，不易兼顾低沸点组分和高沸点组分的分离，最好选择程序升温。
最后，应结合汽化温度来考虑。如果汽化温度是程序升温，那么柱温的升温方式应选择程序升温；如果汽化温度的升温方式是恒温，柱温的升温方式和选择恒温和程序升温。使用气相色谱仪色谱柱恒温分析时，填充柱分析温度可设为样品中高含量组分沸点的平均值。
